В качестве небольшого приквела показывают, как отряд американцев, перевозивших Россомаху обстреляли местные арабы. В этой битве Нику Фьюри обожгло часть лица и так он лишился глаза. Арабы случайно выпустили Россомаху. Он, кажется, собирается добить Фьюри, но в итоге приносит его на базу. Хоть он и запрограммирован исключительно на убийство.
Найткроулер каким то образом смог сбежать из заключения Щита, но его быстро поймал полковник Райт (от которого сбежал Россомаха). Он заведует всей операцией.
Тем временем Колосс, Шторм и Циклоп дают пресс-конференцию в Японии, где их приняли с теплом. Но они не знают, что за ними следит Роук, которая работает на Оружие Икс под страхом избиений и пыток. Она касается рукой Колосса, перенимая его способности и память и докладывает о их местоположении и даже выдаёт секретные коды Института Икс-менов.
Россомаха с Циклопов врываются в квартиру какого-то русского мафиози который утверждает что Колосс принадлежит ему. Логан разрубает его пистолет на части и мафиози запуган – проблема решена. Тем не менее Циклоп не доволен тем что они сделали и уверен что Профессор не оценит. Россомаху это не особо волнует и говорит что ему не нравится отношение Икс-менов к нему (они его бояться и не доверяют) и единственные нормальные отношения у него только с Ксавьером. Поэтому он отправляется на поиски Оружия Икс.
Показывают небольшое свидание Шторм с Бистом (они влюблены друг в друга) и говорят, что Айсмен тоже нашел себе девушку и рассказал практически всё про Институт Ксавьера.
В это время в Институт врываются люди из Оружия Икс. Райт заведует операцией. Всех выносят Джагернаут и Саблезубый, им помогают Найткроулер и Роук. Всех Икс-менов берут в плен, а Институт сжигают до тла.
Где-то в Индии сам Ник Фьюри с набором прикольных гаджетов высаживается рядом с некоей секретной генной лабораторией и в одиночку выносит практически всех. Потом взрывает дверь и видит нечто. Запрашивает подмогу вооруженных до зубов солдат. Белый экран. Связь обрубается. Генерал Росс просит помощи у Оружия Икс и у полковника Райта лично. Райт говорит что с новыми кадрами (подразумевая Икс-менов) они справятся. Видимо они собираются заставить Икс-менов работать на них. Им в голову вживлены чипы. Если кто то не будет слушаться или попробует сбежать - БУУМ!!
Изучая Икс-менов, Оружие Икс увеличивают природную силу и ловкость Биста. После этого он становиться синим уродцем.
Сидя в камере Циклоп придумал несколько планов побега. Пообещал Джагеру и Роук что вытащит их отсюда, несмотря на то что они сволочи. Джина в это время вступила в телепатический контакт с Найткроулером и он наконец-то смог поговорить хоть с кем-то (он же не знает английского языка).
Райт говорит руководителям Оружия Икс что Ксавьер умер в результате рейда на Институт. На самом деле профессор жив, а Райт использует зомбированного Ксавьера и Церебро что бы найти Братство и Россомаху.
Под руководством Саблезубого Икс-мены и некоторые остальные из Оружия Икс летят спасать Ника Фьюри. Бист, Айсмен и Колосс спасают Ника Фьюри из мчащегося поезда.
Джина, Скотт, Шторм и Найткроулер атакуют основную базу (ту где похитили Фьюри). То, что так поразило Фьюри оказывается супер огромной мяснёй 59 генов, скрещенных в какого-то мега огромного уродца. Райт приказывает Циклопу уничтожить её. Эта хрень на них нападает и приходится её взорвать. Джина и Шторм отделились от Найткроулера и Циклопа и нашли профессора который эту генную хреноту изобрёл. Найткроулер телепортирует Циклопа к ним прям перед взрывом. Райт заставляет Джину убить ученого. Она не хочет этого делать но Райт грозится взорвать башку Циклопу. Джина беспощадно убивает ученого.
Сидя в камере Айсмен ноет, что обидно будет умирать хрен знает где, дурацкой смертью и работая на уродов. Колосс обещает, что Россомаха придет и разнесет здесь всё в щепки, но Россомаху захватили в плен и его, сильно продамаженного, втаскивают в камеру Оказывается это и есть план Логана. Он проглотил следящее устройство и теперь Братство знает, где он есть. Они врываются в секретный комплекс Оружия Икс и освобождают всех мутантов. Они вырубают электричество и клетки открываются. Вместе с падением электричества они больше не могут контролировать разум Ксавьера. Райт знает, что он скоро проснётся и пускает 3 пули ему в грудь. Корнелиус пытается спасти Ксавьера.
Полковник Райт говорит местному ученому (Корнелиус), что плевать ему на бюджет, который выделяет Щ.И.Т. на Оружие Икс. У него в руках коллекция мощных тинейджеров-мутантов. Да ещё и зомбированный Ксавьер, который выполняет все приказы Райта. Он требует у верхушки Щ.И.Т.а не закрывать программу Оружие Икс, но ему говорят что решение принято и программа будет закрыта к зиме 2003. Все мутанты вернутся по домам. Райт не может этого допустить потому что уверен что мир небезопасен и психов-мутантов ещё дохрена. Он взрывает всех этих людей.
Саблезубый вытаскивает Россомаху в Финляндию и хочет его там убить, пока Щ.И.Т. занят отбиванием базы от Братства. Сначала он его мучает тем, что сжигает единственную копию секретного досье на Россомаху. Здесь вся его жизнь. Всё, что с ним было до того, как Оружие Икс стёрло всю его память. Причем стёрло так, что он даже английскому языку заного обучался. Тупо в ноль. Саблезубый ненавидит Россомаху за то, что Оружие Икс считает его лучше. Поэтому он сделал себе адамантиновые зубы и когти как у Россомахи (тока у Саблезубого 4 когтя – ну всё прям ваще оверпауер).
Под лидерством Братства Икс-мены выносят постепенно людей Щ.И.Т.а, которых кинули на подмогу Оружию Икс. Джина не может смотреть на то, как они их убивают и говорит, что сначала им придется убить её. Братство хочет мести, но Икс-мены отказывают убивать. Тем не менее Шторм, ослеплённая желанием мести за Биста (за то, что они с ним сделали) пытается убить Райта, взрывая его вертолёт. Найткроулер в последнюю секунду успевает его вытащить. К этому времени прибывает Ник Фьюри и отпускает всех мутантов на свободу, собираясь заняться людьми из Оружия Икс. В первую очередь - полковником Райтом. Так как верхушка Щ.И.Т.а была уничтожена Райтом - Фьюри становится предводителем всей организации Щ.И.Т.
В итоге Роук и Джагер вступают в Братство. Найткроулер уехал ненадолго в Баварию, но профессор уверен, что он вступит в ряды Икс-менов.
